１内村鑑三文庫（キリスト教）　　　　　　　　　１，２５０冊　　　　本館書庫所蔵
  ２新渡戸稲造文庫（農学・経済学）　　　　　　　２，０００　　　　　　　　〃
　３宮部金吾文庫（植物学）　　　　　　　　　　　１，７００　　　　　　　　〃
　４佐藤昌介文庫（農学、殖民、農業経済）　　　　６，０００　　　　　　　　〃
　５南鷹次郎文庫（農学）　　　　　　　　　　　　２，０００　　　　　　　　〃
　６高岡直吉文庫（植民地、アジア事情）　　　　　　　４５０　　　　　　　　〃
　７逢坂信　文庫（キリスト教）　　　　　　　　　　　８００　　　　　　　　〃
　８知里真志保文庫（アイヌ語・民族学）　　　　　１，３００　　　　　　　　〃
　９糠沢建次記念文庫（物理学）　　　　　　　　　　　４００　　　　　　　　〃
１０宮原晃一郎文庫（独・露・北欧文学）　　　　　　　７００　　　　　　　　〃
１１札幌農学校旧蔵文庫（札幌農学校旧蔵書）　　１２，２００　　　　北方資料室所蔵
１２レンセン文庫（日ロ関係史）　　　　　　　　　３，２００　　　　　　　　〃