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| 初代 | 新渡戸 稲 造（農） | 明治２４.１１. | 〜明治３０.９. | 書籍館主任（監守） |
| ２代 | 大 島 金太郎（農） | 明治３０.９. | 〜明治３１.６. | |
| ３代 | 原 十 太（理） | 明治３１.６. | 〜明治３７.９. | 「処務規程」による館長 |
| ４代 | 大 島 金太郎（農） | 明治３７.９. | 〜明治３８.１１. | |
| ５代 | 高 岡 熊 雄（農） | 明治３８.１１. | 〜昭和１１.６.６ | |
| 昭和１１.６.７ | 〜昭和８.１２.９ | 官制上の館長 | ||
| ６代 | 上 原 轍三郎（農） | 昭和９.１.３１ | 〜昭和２１.３.２０ | |
| ７代 | 松 田 武 雄（農） | 昭和２１.１０.２１ | 〜昭和２８.１０.１９ | |
| ８代 | 竹 岡 勝 也（文） | 昭和２８.１０.２０ | 〜昭和３０.５.１９ | |
| ９代 | 高 倉 新一郎（農） | 昭和３０.５.２０ | 〜昭和３２.５.１９ | |
| 10 代 | 風 巻 景次郎（文） | 昭和３２.５.２０ | 〜昭和３３.４.３０ | |
| 11 代 | 武 田 信 一（文） | 昭和３３.６.１６ | 〜昭和３４.６.１５ | |
| 12代 | 宮 崎 孝治郎（法） | 昭和３４.７.１６ | 〜昭和３８.７.１５ | |
| 13代 | 酒 井 忠 明（工） | 昭和３８.７.１６ | 〜昭和４０.７.１５ | （事務取扱） |
| 昭和４０.７.１６ | 〜昭和４０.９.３０ | |||
| 14 代 | 今 村 成 和（法） | 昭和４０.１０.１ | 〜昭和４６.９.３０ | |
| 15代 | 福 島 久 雄（工） | 昭和４６.１０.１ | 〜昭和４６.９.３０ | |
| 16代 | 早 川 泰 正（経） | 昭和４８.１０.１ | 〜昭和５２.９.３０ | |
| 17代 | 高 嶋 正 彦（農） | 昭和５２.１０.１ | 〜昭和５４.９.３０ | |
| 18代 | 塩 谷 饒（文） | 昭和５４.１０.１ | 〜昭和５８.９.３０ | |
| 19代 | 東 晃（工） | 昭和５８.１０.１ | 〜昭和６０.３.３１ | |
| 20代 | 大 野 公 男（理） | 昭和６０.４.１ | 〜平成元 . ３.３１ | |
| 21代 | 近 藤 潤 一（文） | 平成元 . ４.１ | 〜平成６ . ３.３１ | |
| 22代 | 三本木 孝（理） | 平成６ . ４.１ | 〜平成８ . ３.３１ | |
| 23代 | 吉 田 宏（工） | 平成８ . ４.１ | 〜平成９ . ３.３１ | |
| 現 | 原 暉 之（ス） | 平成９ . ４.１ | 〜 |
分館長
| 初代 | 阿 部 保（文） | 昭和４４.４.１ | 〜昭和４６.３.３１ |
| ２代 | 五十嵐 三 郎（文） | 昭和４６.４.１ | 〜昭和４９.３.３１ |
| ３代 | 和 田 謹 吾（文） | 昭和４９.４.１ | 〜昭和５５.３.３１ |
| ４代 | 永 井 義 哉（文） | 昭和５５.４.１ | 〜昭和５７.３.３１ |
| ５代 | 佐 伯 有 清（文） | 昭和５７.４.１ | 〜昭和５８.３.３１ |
| ６代 | 高 田 誠 二（理） | 昭和５８.４.１ | 〜平成元 . ３.３１ |
| ７代 | 東 出 功（文） | 平成元 . ４.１ | 〜平成５ . ３.３１ |
| ８代 | 片 桐 千 明（理） | 平成５ . ４.１ | 〜平成７ . ３.３１ |
| ９代 | 杉 山 滋 郎（理） | 平成７ . ４.１ | 〜平成９ . ３.３１ |
| 現 | 吉 野 悦 雄（経） | 平成９ . ４.１ | 〜 |
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